El taller de conservación y restauración del MALI inició sus actividades en 1988, gracias a un financiamiento especial de la Fundación Ford. En el transcurso de los años el taller ha recibido donaciones significativas de otras instituciones y personas naturales, entre las cuales destaca la Embajada Real de los Países Bajos, el Fondo del Embajador de la Embajada de Estados Unidos y la I Ayuda García-Viñolas de la Fundación Cultural MAPFRE Vida de España.

Hoy el taller cuenta con un equipo de  conservadores y restauradores del más alto nivel profesional, con años de experiencia y formación especializada. El museo promueve además la constante actualización de su personal a través de prácticas y cursos de especialización en diversos centros de formación en el extranjero. Gracias a su equipamiento y equipo de profesionales, el taller del MALI ha ido consolidando su presencia como uno de los principales centros de restauración del país. El programa "Recuperando las obras del Museo", iniciado en 1998, ha permitido la restauración y puesta en valor de más de cien obras de la colección permanente con el apoyo de aportes particulares y de la empresa privada.

Nuestra misión es la conservación de nuestras colecciones y del patrimonio nacional, y contribuir a preservarlo para las generaciones futuras. El taller se  dedica a detener el proceso natural de deterioro que afecta las obras de arte, mediante el control del medio ambiente, y el uso de materiales y procedimientos adecuados para su almacenaje, manipulación, montaje, embalaje y transporte. De esta manera logramos la estabilización física y química de las obras y la revalorización de su apariencia estética, intentando intervenir lo mínimo posible en ellas.